Joseph John Thomson 18 aralık 1856'da Manchester varoşlarından Cheetham Hill'de doğdu. 1870'de Owens College ve 1876'da Trinity College, Cambridge' e burslu olarak girdi. 1880'de Trinity College'e akademi üyesi seçildi .Hayatı boyuncada akademi üyesi olarak kaldı. Daha sonra Lord Rayleigh'ın yerine Cambridge'e deneysel fizik profesörü oldu.
1884-1918 yılları arasında Cambridge ve Royal Institution'ın onursal profesörlüğüyle onurlandırıldı.