Bir Çiftci olan babası o doğmadan üç ay önce ölmüştü. Oniki yaşında Grantham'da king's School'a yazılan Newton bu okulu 1661'de bitirdi. Aynı yıl Cambridge Universite'sindeki Trinity Kolleje girdi. Nisan 1665 'te bu okuldan lisans derecesini aldı. Lisansüstü çalışmalarına başlıyacağı sırada ortalığı saran veba salgını yüzünden üniversite kapatıldı.