Joseph John Thomson 18 aralık 1856'da Manchester varoşlarından Cheetham Hill'de doğdu. 1870'de Owens College ve 1876'da Trinity College, Cambridge' e burslu olarak girdi. 1880'de Trinity College'e akademi üyesi seçildi .Hayatı boyuncada akademi üyesi olarak kaldı. Daha sonra Lord Rayleigh'ın yerine Cambridge'e deneysel fizik profesörü oldu.
1884-1918 yılları arasında Cambridge ve Royal Institution'ın onursal profesörlüğüyle onurlandırıldı.

Bir Çiftci olan babası o doğmadan üç ay önce ölmüştü. Oniki yaşında Grantham'da king's School'a yazılan Newton bu okulu 1661'de bitirdi. Aynı yıl Cambridge Universite'sindeki Trinity Kolleje girdi. Nisan 1665 'te bu okuldan lisans derecesini aldı. Lisansüstü çalışmalarına başlıyacağı sırada ortalığı saran veba salgını yüzünden üniversite kapatıldı.